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Jan Mankes wurde am 15. August 1889 in Meppel als Sohn von Beint Mankes, einem Beamten der Steuerbehörde, und Jentje Hartsuiker geboren. Ab 1902 besuchte er die weiterführende Schule in Meppel, brach diese jedoch ab, als die Familie 1904 nach Delft zog. Während dieser Zeit arbeitete er als Lehrling beim Glasmaler J.L. Schouten und besuchte Abendkurse an der Akademie der Schönen Künste in Den Haag. Er begann, Vögel und Nester in den Dünen von Den Haag und Umgebung zu malen. Von 1909 bis 1915 lebte Mankes mit seinen Eltern in Het Meer, einem Weiler zwischen Heerenveen und den Dörfern Benedenknijpe und Bovenknijpe. Hier entwickelte er seine Liebe zur Natur weiter und schuf viele seiner besten Werke. Eines seiner Meisterwerke ist das Gemälde des Woudsterwegs. Jeden Tag ging er diesen Weg gegenüber seinem Elternhaus entlang nach Oranjewoud.
1913 lernte er in Bovenknijpe Anne Zernike kennen, eine Theologin und erste Pfarrerin der Niederlande. Er heiratete sie 1915, und die beiden lebten anschließend eine Zeit lang in Den Haag. Im September 1916 zogen sie nach Eerbeek in Gelderland, da sie dachten, die waldreiche Umgebung würde Mankes, der inzwischen an Tuberkulose litt, guttun. Während dieser Zeit lebte er auch fünf Monate in der Pension Carpe Diem in Nunspeet. 1918 wurde ihr Sohn Beint geboren, benannt nach Jans Vater. Mankes war schwer krank und verbrachte einen Großteil seiner Zeit im Bett; als es ihm etwas besser ging, arbeitete er ununterbrochen. 1920 starb er im Alter von 30 Jahren an seiner Krankheit. Er wurde in Eerbeek begraben.
Mankes hinterließ ein Gesamtwerk von rund 150, überwiegend kleinformatigen Gemälden, etwa 100 Zeichnungen und rund 50 Drucken. In mehr als der Hälfte seiner Werke ist die Natur das Hauptthema. Darüber hinaus schuf er Selbstporträts, Porträts (insbesondere seines Vaters, seiner Mutter und seiner Frau), Stillleben, Landschaften und Interieurs. Mankes stellte zeitlebens ausgiebig aus und genoss hohes Ansehen.
Anfangs malte Mankes vor allem dunkle Vögel in dunklen Farbtönen, später auch helle, vor allem weiße Tiere wie Hähne und Kaninchen. Der Haager Kunstsammler und Zigarrenfabrikant Aloysius Pauwels war sein Förderer und schickte ihm neben Materialien oft auch ungewöhnliche Vögel zum Malen.
Sein Werk ist von einer gewissen Stille geprägt. Richard Roland Holst bezeichnete Mankes 1923 als den ruhigsten Maler Hollands. Diese Stille entsteht durch ausgewogene Kompositionen und gedämpfte Farbgebung sowie einen kaum sichtbaren Pinselstrich.
Seine Arbeiten wurden unter anderem im Scheringa Museum für Realismus ausgestellt. Seit dem Frühjahr 2015 ist die Mankes-Sammlung dieses Museums im MORE-Museum untergebracht, das sich im (erweiterten und vollständig renovierten) ehemaligen Rathaus von Gorssel, Gelderland, befindet.