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Jan Mankes wurde am 15. August 1889 in Meppel als Sohn von Beint Mankes, einem Beamten beim Finanzamt, und Jentje Hartsuiker geboren. Er besuchte 1902 die Hochschule für Bildende Künste in Meppel, brach die Ausbildung jedoch ab, als die Familie 1904 nach Delft zog. Während dieser Zeit arbeitete er als Lehrling beim Glasmaler JL Schouten und besuchte einen Abendkurs an der Akademie der Schönen Künste in Den Haag. Er begann, Vögel und Nester in den Dünen von Den Haag und Umgebung zu malen. Von 1909 bis 1915 lebte Mankes mit seinen Eltern in Het Meer, einem Weiler zwischen Heerenveen und den Dörfern Benedenknijpe und Bovenknijpe. Hier entwickelte er seine Liebe zur Natur weiter und schuf viele seiner besten Werke. Eines seiner Meisterwerke ist das Gemälde des Woudsterwegs. Auf diesem Weg gegenüber seinem Elternhaus ging er jeden Tag nach Oranjewoud.
1913 lernte er in Bovenknijpe Anne Zernike kennen, eine Theologin und erste Pfarrerin der Niederlande. Er heiratete sie 1915, und danach lebten sie eine Zeit lang in Den Haag. Im September 1916 zogen sie nach Eerbeek in Gelderland, weil sie dachten, die waldreiche Gegend würde Mankes, der an Tuberkulose litt, guttun. Während dieser Zeit lebte er auch fünf Monate in der Pension Carpe Diem in Nunspeet. 1918 wurde ihr Sohn Beint geboren, benannt nach Jans Vater. Mankes war schwer krank und verbrachte viel Zeit im Bett; als es ihm etwas besser ging, arbeitete er ununterbrochen. 1920 starb er im Alter von 30 Jahren an seiner Krankheit. Er wurde in Eerbeek begraben.
Mankes hinterließ ein Gesamtwerk von etwa 150, überwiegend kleinformatigen Gemälden, etwa 100 Zeichnungen und etwa 50 Druckgrafiken. In mehr als der Hälfte seiner Werke steht die Natur im Mittelpunkt. Darüber hinaus schuf er Selbstporträts, Porträts (insbesondere seines Vaters, seiner Mutter und seiner Frau), Stillleben, Landschaften und Interieurs. Mankes stellte im Laufe seines Lebens viel aus und wurde hoch geschätzt.
Anfangs malte Mankes vor allem dunkle Vögel in dunklen Farbtönen, später auch helle, vorwiegend weiße Tiere wie Hähne und Kaninchen. Der Haager Kunstsammler und Zigarrenfabrikant Aloysius Pauwels war sein Förderer und schickte ihm neben Materialien oft auch besondere Vögel, die er malen konnte.
Sein Werk ist von einer gewissen Stille geprägt. Richard Roland Holst bezeichnete Mankes 1923 als den ruhigsten Maler Hollands. Diese Stille entsteht durch ausgewogene Kompositionen und gedämpfte Farbgebung sowie einen kaum sichtbaren Pinselstrich.
Seine Werke wurden unter anderem im Scheringa Museum für Realismus ausgestellt. Die dortige Sammlung Mankes ist seit dem Frühjahr 2015 im MORE Museum untergebracht, das im (erweiterten und komplett renovierten) ehemaligen Rathaus von Gorssel in Gelderland untergebracht ist.