Wegner volgde van 1942 tot 1947 een opleiding aan de Koninklijke Academie van Beeldende Kunsten te Den Haag. In 1942 en 1943 volgde hij tevens een aanvullende studie op de Kunstnijverheidsschool in Amsterdam. Daarna was hij werkzaam als kunstschilder, docent en adviseur en jurylid voor de Staat der Nederlanden, Hongarije en Nicaragua. Toon Wegner studeerde en reisde met Co Westerik. Van 1964 t/m 1987 gaf hij les aan de academie van Rotterdam en van 1964 tot 1966 ook aan die van Tilburg. Hij illustreerde kinderboeken, schilderde, tekende, maakte etsen, linoleumsnedes en litho`s, schilderde decors en was meesterdrukker. Wegner was lid van Pulchri Studio in Den Haag en lid van de Beroepsvereniging van Beeldende Kunstenaars BBK. Hij woonde aanvankelijk in Den Haag maar leefde en werkte sinds 1969 in Orvelte in Drenthe, waar hij in een verbouwde oude Saksische boerderij zijn grafisch centrum stichtte (stichting Prograph). Op de deel had hij zijn atelier waar hij diverse oude/antieke drukpersen had verzameld.
Nederlands